El conjunto arqueológico conservado bajo el suelo de la planta -2 del museo comprende elementos de varios períodos históricos; las construcciones más antiguas, con una cronología que ronda el siglo VI aC, pertenecen a viviendas de la ciudad feniciopúnica. Estas estructuras, con el paso de los siglos, experimentaron varias reformas y readaptaciones, las más evidentes corresponden a la época púnica (siglos IV-II aC) y, posteriormente, también se han documentado niveles de uso y estructuras de cronología altoimperial romana (siglo I dC). Finalmente, cubriendo todo el sector fueron localizados estratos de abandono y arrasamiento de época tardoantigua y del Bajo Imperio (siglos V-VI dC), tiempo durante el cual se detecta un abandono de la ciudad. el última de las fases arqueológicas documentadas la forman niveles de enterramientos de época islámica, la cronología de los cuales se sitúa en los siglos X-XII.