El conjunt arqueològic conservat sota el sòl de la planta -2 del museu comprèn elements de diversos períodes històrics; les construccions més antigues, amb una cronologia que ronda el segle VI aC, pertanyen a habitatges de la ciutat feníciopúnica. Aquestes estructures, amb el pas dels segles, van experimentar diverses reformes i readaptacions; les més evidents corresponen a l'època púnica (segles IV-II aC) i, posteriorment, també s'han documentat nivells d'ús i estructures de cronologia altoimperial romana (segle IdC). Finalment, cobrint tot el sector van ser localitzats estrats d'abandonament i arrassament d'època tardoantiga i del Baix Imperi (segles V-VI dC), temps durant el qual es detecta un abandonament de la ciutat. L'última de les fases arqueològiques documentades la formen nivells d'enterraments d'època islàmica, la cronologia dels quals se situa en els segles X-XII.