La 'Universitat' como institución de gobierno local fue creada por concesión del rey Jaume II de Mallorca. Aparece ya como órgano definido y permanente en 1299; estaba formado por tres jurados, nombrados por los representantes de los conquistadores, que a la vez elegían diez consejeros. La sede de la institución estuvo en un edificio próximo a la iglesia, de planta rectangular, cubierto con un artesonado de estilo mudéjar, con motivos decorativos pintados entre los cuales figuran los escudos policromados de Eivissa y de la Corona de Aragón.

El edificio se construyó adelantándose a la muralla islámica y, probablemente, fue levantado al mismo tiempo o poco después que el ábside gótico de la Catedral. En la fachada de levante conserva un ventanal gótico, que según parece se construyó durante unas reformas, mencionadas en los libros de cuentas de la Universidad, efectuadas a finales del siglo XV.

A principios del siglo XVIII la sede fue ampliada anexionando el edificio de al lado: la Capilla del Salvador. Posteriormente se abrió una puerta de comunicación interior sobre la cual se conserva la fecha de 1708 grabada en el dintel recordando la unión de los dos edificios. Este lugar sirvió de sede a la Universidad hasta el 1728, año en que se disolvió en favor del Ayuntamiento creado a raíz del “Decreto de Nueva Planta”.
Continuó utilizándose como casa Consistorial hasta el 1838 en que ésta fue trasladada al Convento de los Dominics. La sala de la Universidad y la capilla del Salvador, hoy en día, forman parte del Museo Arqueológico de Eivissa. Durante las reformas de las instalaciones, fue excavado el subsuelo de la sala, donde se ha encontrado el paramento exterior de la muralla islámica y otras estructuras arquitectónicas adosadas a ésta.